JQueryの.clone()関数を用いて、入力フォームのテーブルを丸ごとクローンしてみたところ、テキストボックスは入力値もクローンされるのに対して、テキストエリアは値がクローンされません。

結局以下のようにしてクローンした後に、テキストエリア部分のみクローン元からクローン先へ、値だけコピペして対処しました。
$('#cloneFrom table').clone().appendTo('#cloneTo');
$('#cloneFrom textarea').each(function(i){
$('#cloneTo textarea').eq(i).val(this.value);
});